Neo, kendisini Matrix ile Gerçek Dünya arasında sıkışmış bir hâlde bulur. Bu sırada Zion, hayatta kalma şansı çok düşük olmasına rağmen makinelere karşı yaklaşan savaşa hazırlanmaktadır. İnsanlar ve makineler arasındaki savaşı bitirecek Seçilmiş Kişi olduğuna inanıldığı için Neo'nun arkadaşları, onu Merovingian'ın elinden kurtarmak üzere harekete geçer. Ancak bilmedikleri şey, her iki dünyayı da yok etme planları olan üçüncü bir tarafın yarattığı bir tehdidin varlığıdır.
